Walaupun tampil dengan volume silinder yang hampir sama, 249.6 cc untuk CBR 250 R dan 248.8 cc untuk Ninja 250, konstruksi mesin sangatlah berbeda. Ninja 250 menggunakan mesin dua silinder in line sedangkan CBR 250 R menggunakan mesin satu silinder tunggal. Perbandingan antara diameter dan langkah sama-sama over square yaitu 76mm x 55mm untuk CBR 250 R dan 62 mm x 41.2 mm untuk Ninja 250. Sistem katup juga sama-sama DOHC 4 katup persilinder. Sistem bahan bakar agak berbeda karena CBR 250 R menggunakan sistem injeksi (PGM-Fi) sedangkan Ninja 250 masih mengandalkan dua karburator Keihin CVK30. Perbandingan kompresi sedikit berbeda yaitu 11,6:1 untuk Ninja 250 dan 10,7:1 untuk CBR 250 R. Sistem tranmisi keduanya sama-sama manual 6 kecepatan.

Dengan perbedaan spesifikasi mesin tersebut maka kedua motor punya sedikit perbedaan karakteristik. Ninja 250 akan lebih punya daya maksimum yang lebih besar dari CBR 250 R karena mesin dengan silinder ganda punya kemampuan yang lebih pada rpm tinggi. CBR 250 R yang mempunyai silinder tunggal mempunyai torsi yang lebih baik di putaran rendah. Ninja 250 mempunyai daya maksimum sebesar  33 ps@8500rpm sedangkan CBR 250 R hanya  26.2 PS @8500rpm. Akan tetapi CBR 250 tampil dengan torsi yang lebih tinggi pada rpm rendah yaitu 22.9 N m @7000rpm sedangkan Ninja 250 22 N-M@82000rpm. Di beberapa sumber di internet menyebutkan bahwa hasil test akselerasi jarak pendek dimenangkan oleh CBR 250 R sedangkan kecepatan maksimum dimenangkan oleh Ninja 250.

CBR 250 R akan lebih menguntungkan digunakan pada pengendaran yang sifatnya stop and go sedangkan Ninja 250 akan lebih dominan pada trek lurus. Secara teoritis CBR 250 R akan lebih irit bahan bakar jika digunakan di dalam kota.

2. Rangka

Kedua motor tampil dengan tipe rangka yang hampir sama. Ninja 250 menggunakan sistem pengereman yang konvensional sedangkan CBR 250 R ada dua pilihan yaitu konvensional dan ABS. Kedua motor mempunyai ukuran ban depan yang sama yaitu 110/70-17 sedangkan ban belakang CBR 250 R mempunyai ukuran yang lebih besar dari pada Ninja 250 (CBR 250 R 140/70-17, Ninja 250 130/70-17). Suspensi depan kedua motor menggunakan teleskopik 37mm. Suspensi belakang CBR 250 menggunakan Pro-link monoshock sedangkan Ninja 250 menggunakan Uni-trak.

Keduanya cenderung seimbang, kecuali sistem pengereman pada CBR 250 R yang tipe ABS. Penggunaan ban belakang dengan ukuran yang lebih besar menjadikan CBR 250 R menjadi lebih mantap di tikungan.

3. Tampilan

Bagus tidaknya tampilan sebenarnya merupakan sesuatu yang sangat subyektif. Akan tetapi walaupun keduanya sama sama full fairing, CBR 250 R tampil lebih futuristik dari pada Ninja 250. Desain fairing dari CBR 250 R kelihatan lebih komplek dan lebih modern. CBR 250 R sebenarnya sangatlah mirip dengan saudara tuanya yaitu Honda VFR 1200 mulai dari desain lampu depan, fairing sampai knalpot dengan gaya midship muffler-nya. Bagaimana pendapat Anda mengenai perbandingan tampilan dari keduanya?

4. Layanan Purnajual

Banyaknya AHASS yang tersebar di seluruh pelosok Indonesia merupakan salah satu alasan untuk menyatakan bahwa layana purnajual dari CBR 250 R lebih baik dari Ninja 250. Ketersediaan dari spare part juga akan lebih baik karena CBR 250 R telah didukung oleh jaringan H3 dari Honda yang tersebar di seluruh tanah air.

5. Harga

Sebelum diluncurkan banyak yang mengira kalau harga CBR 250 R jauh lebih mahal dari Ninja 250. Dari informasi saat peluncuran CBR 250 R akan dujual Rp39,9 juta untuk varian tanpa rem ABS dan Rp46,5 juta dengan ABS on the road di Jakarta. Jika Ninja 250 dijual pada kisaran harga Rp46 juta bagaimanakah pendapat Anda? Pilih CBR 250 R ataukan Ninja 250?